土木工程學系學士班成立於民國86年，90學年度開始招收碩士班研究生，博士班於93學年度開始招生。本校地處地形景觀豐富多變的南投縣埔里鎮，鄰近921集集大地震震央，提供土木人在地震和坡地防災等方面最佳的學習環境。

本系宗旨致力於防災研究與教學，培養理論與實用兼備，科技與人文並重之國家基礎建設人才。本系教授群整合耐震與減震的實用性研究，擬訂中台灣之地震防災對策，力行技術生根，回饋鄉里的目標。為提昇自然生態運作法則之認知，減低人為之干擾，本系師生在水利、水資源、邊坡、土石流和坡地開發方面進行理論與實地之研究，並協助地方政府建構第一線的坡地防災系統，濟教學以實務，寓學術於民生。

本系發展計畫將持續加強與工程實業界建立密切交流的關係，藉著課程設計、研討座談、研究計畫、參觀實習及就業輔導等各種管道使本系之規劃、運作均能與國家、社會之脈動、緊密契合。除此之外，注重學術之研究與發展，除與國內各大專院校交流外，並積極與國際間知名大學進行學術合作，以期迅速建立本系在國內與國際間之學術地位。另外，為配合資訊時代的來臨，本系亦提供學生充足的電腦基礎與應用課程，使畢業生不僅具有完整的土木工程專業背景，同時亦足以面對未來電子化的挑戰。

本系課程規劃之原則，在土木工程的架構下，規劃耐震與防災、環境與管理及應用力學等三大領域的課程。教學內容以理論和實務並重為原則。本系目前進行之研究領域分組如下：防災工程組：大地防災研究室、土壤加勁與坡地防災研究室、結構耐震研究室、流體力學實驗室、計算流體力學研究室、環境力學研究室；環境與管理組：運輸規劃研究室、水質分析實驗室；應用力學組：材料暨破壞力學實驗室、計算力學暨電腦輔助設計研究室。

土木工程學系學士班成立於民國八十六年，民國九十學八月開始招收碩士班研究生，博士班於九十三年八月開始招生。本系目前專任教師共有十四位，均具博士學位，未來將增聘至十五位。目前大學部學生203位，碩士班學生22位，博士班學生15位。

本系之宗旨在培育人文與科技並重之國家建設人才，課程規劃依系上教授群之專長共分耐震與防災、環境與管理及應用力學等三大領域。主要研究方向有：1.建立耐震防災的研究主軸：整合耐震與減震的實用性研究，擬訂中台灣之地震防災對策，力行技術生根，回饋鄉里的目標；2.強化坡地保育與防災科技：協助地方政府建構第一線的坡地防災系統，濟教學以實務，寓學術於民生。

本系獲教育部民國九十二年輔導新設國立大學健全發展計畫補助新台幣2720萬元及本校校務基金自籌約3000萬元籌設「耐震與防災實驗室」，目前已完工並即將啟用，實驗室內100噸大型振動台為國內少見之重型設備，配合系內大型土石流模擬渠道、及土壤動態單純剪力試驗儀等國內少有之實驗系統，將可逐漸建立本系研究三大主軸「地震防災」、「坡地防災」、「環境災害防治」等之特色。

本系目前設有教學與研究功能之土壤力學、結構力學、材料力學、流體力學、水質分析等五個實驗室，另有計算力學暨電腦輔助設計、破壞力學、運輸規劃、計算流體力學、環境力學、大地防災、結構耐震防災等七個研究室及測量儀器室，提供學生參與公共建設與天然災害防治的基礎教育訓練及研究發展所需設備與環境。